YUM - 非官方的 repository

用 Fedora 的人一定都會知道 YUM 這個指令，在這邊介紹兩個非官方的 repository 來讓使用者能使用到最新的套件。當然，前提是你不在意使用非官方的站台服務，且安裝後所發生的任何問題都要自己負責。

生物資訊軟體安裝筆記 (Linux)

在安裝這些軟體的同時，我有做些簡單安裝的紀錄，一方面可以節省以後要重裝的時間，另一方面也讓老師知道我到底在搞什麼東東。
目前寫好的安裝筆記有〈BioPerl、BLAST、Clustalw、EMBOSS、GENSCAN、mfold、Primer3、RNAz、tRNAscan、Vienna RNA Package、WU-BLAST〉之後還陸續會有 RepeatMasker、Phrap 等。
主要的安裝環境為 Fedora Core 6 ，基本上其他平台應該也是適用才對，當然有些利用 rpm 的偷吃步例外，無論如何希望這些簡單的筆記能幫助有需要的人。
Main Site: snese’s notebook
Mirror Site: BST Server Wiki

SimpleScalar Installation Guide

軟體介紹：

SimpleScalar LLC 官方網站

安裝環境：

Fedora Core 6 (Zod)
Kernel Version 2.6
Gcc Version 4.1.1

需要軟體：

simplesim-3v0d.tgz
simpletools-2v0.tgz
simpleutils-990811.tar.gz
gcc-2.7.2.3.ss.tar.gz

好用的文字編輯器 Vim

自從 IB 的主機重灌完後，裡面所安裝的軟體還真的是精簡的可以。連平常在修改 *.conf 或 .php 等東西時，我都還是用筆記本來處理，平時資料量少的話到也還好，但有時面對大筆的資料要修改，看那個黑白字的陽春介面，其實也是很傷腦低！

安裝 Astyle

有鑑於一些人寫程式都不做縮排(indent)，或者他們的 indent style 不是我習慣的格式，所以我裝了這套 Astyle。

學習 10 個使用 UNIX 的好習慣

原文在此：Learn 10 good UNIX usage habits
在這主要是濃縮他所談的，再用我的話來簡敘、翻譯。

XCache 安裝

XCache 是套華人所撰寫的 PHP opcode cacher，在速度上的表現真的是讓人驚豔的軟體，網路上應該可以看到不少對它的讚賞
其實早就知道這套軟體，但最終還是因為自己懶，所以一直都沒去安裝。最近心血來潮，才把它裝上去 XD  主機的OS分別有 Windows 和 FreeBSD ，在這邊就先紀錄一下安裝的紀錄。

Fedora Core 6 - Upgrade Kernel

除了傳統的編譯方式之外，其實也可以利用 yum 來進行，雖然官網方面是不推薦 live upgrade，但它卻是你自行編譯的 kernel 跟原本 third-party packages 產生 conflict 的好幫手。
基本上，想自定的更 detail 點還是利用傳統的編譯方式。yum，只能算是個解救你的工具 XD
Reference：

Kernel Trap: How To Upgrade To The 2.6 Kernel
Upgrading Fedora Using Yum FAQ

Reinstall Fedora Core 6

真是太機歪了，正準備要進行套件升級時，竟然發生一個詭異的突發事件！機器裡的所有資料一夕之間，全部都不見，當下的我只能眼神呆滯的看著 terminal 默默的發呆 … 待我回神，心中真是充滿的無限的幹意，不知道是哪個天殺的專題生亂搞主機，讓我知道一定得把他宰了以宣洩我心頭之恨！

FC4 to FC6 (a tragedy)

心血來潮忽然想幫 BST 那台工作站的 OS 做升級，於是乎便先做了點調查與功課。根據 Google 大師說，先用
rpm -Uvh fedora-release-6-4.noarch.rpm \ fedora-release-notes-6-3.noarch.rpm
，接著只要使用 yum 做
yum -y upgrade
，接著就只需要等待就會大功告成。